Sant Climent Sescebes és troba situat a l’extrem nordoriental de la península ibèrica, a la província de Girona, just al centre de la comarca de l'Alt Empordà, en mig d’una cruïlla de camins: a 12 km de Figueres, la capital de la comarca, a 22 km de Llançà, a 25 km de Roses i a 21 km de la frontera francesa.

Dista 59 quilòmetres de Girona, 170 quilòmetres de Barcelona, i 54 quilòmetres de Perpinyà, la capital del Roselló, ja a l’estat francès.

Les comunicacions de Sant Climent són excel.lents:

Per carretera és només a 6 quilòmetres de la N-II la qual, paral.lelament a l’autopista configuren, l’eix viari Perpinyà-Figueres-Girona-Barcelona.

Des de Girona i Barcelona:
Autopista A-7, sortida (4) a Figueres, i seguir per la N-II en direcció França, fins passat Pont de Molins, des d’on, a mà dreta es troba l’encreuament cap a Sant Climent Sescebes. Abans d'arribar-hi es troba Vilarnadal i Masarac.

Des de França
Autopista A-7, (sortida 2) a La Jonquera, i seguir per la N-II en direcció Figueres fins al “Pont de Capmany” des d’on, a mà esquerra, es troba l’encreuament de la carretera que es dirigeix a Roses. Abans d'arribar-hi es troba Capmany.

Per ferrocarril, l’estació més propera és Figueres, ciutat en la que paren tots els trens de recorregut internacional i que molt aviat disposarà d’una estació intermodal en la que hi arribaran trens de la línia convencional i els trens de l’ample europeu, TGV.

Per aire, els seu aeroport de referència és el de Girona-Costa Brava, però no s’han d’oblidar l’aeroport internacional de Barcelona-El Prat, i també el de Perpinyà. Finalment cal considerar la proximitat (24 quilòmetres) de l’aerodrom d’Empúriabrava, que possibilita l’aterratge d’avionetes particulars.